Фактически налоговики начали выполнять функционал таможенного ведомства в результате смены руководства Федеральной таможенной службы (ФТС). Новым начальником ФТС стал Владимир Булавин, ранее занимавший пост полпреда. Ему предстоит решить сложный вопрос – поднять на новый уровень эффективность деятельности таможенного ведомства в рамках системы, работающей на получение доходов в бюджет государства. Необходимость модернизации дала о себе знать явно благодаря июльскому докладу, в рамках которого анализ деятельности ФТС Счетной палатой позволили выявить, что на треть снизился объем доходов, а долги по таможенным выплатам возросли на полмиллиарда рублей. Кроме того, были выявлены факты необоснованного предоставления льгот по уплате НДС, не принесший никакого результата расход средств из бюджета. Налоговики уже представили министру финансов (Антон Силуанов) описание собственного плана совместной работы систем ФТС и ФНС.

Подготовительные работы по формированию единой системы администрирования планируется завершить в октябре текущего года. Далее запланирована интеграция 2-х служб, которая будет реализовываться в течение следующего года. Данную информацию предоставил начальник Главного управления информационных технологий ФТС Дмитрий Данилин. Результатом этих действий станет единое информационное пространство, которое будет доступно сотрудникам обоих ведомств для эффективного выполнения своих функциональных обязанностей.

До настоящего момента объединению ФНС и ФТС препятствовала личная позиция Андрея Бальянинова, который возглавлял таможенную службу. Его отставка позволила занять место более лояльному к проекту человеку, который практически сразу и запустил процедуру объединения.

Мероприятия по совершенствованию интеграционной процедуры активно ведется и в настоящее время: разработка положений, направленных на оптимизирование общих процессов управления информационными потоками налоговой и таможенной деятельности, а также осуществления валютного контроля. Такая работа создаст условия для устранения дублирующих или (и) контролирующих функций ФТС и ФНС, упрощения взаимодействия с бизнесом при существенном повышении эффективности работы системы в целом.

Представители ФНС в беседе с «Известиями» рассказали о том, что специально созданная группа уже успешно провела анализ, целью которого было выявление общих бизнес-процессов, связанных с управлением и отслеживанием выплат: таможенных и налоговых.

В декабре 2015 года В. В. Путин озвучил правительству необходимость сформировать единую систему управления налоговыми, таможенными и прочими платежами. Реализация данной задачи по факту растянута до конца 2017 года, что, по словам профессора РАНЧиГС Анатолия Селюкова обусловлено дополнительными временными затратами, связанными с необходимостью реализации интеграционных процессов в Таможенном союзе.